O clube foi fundado, em 26 de maio de 1912. É, atualmente, o único time na cidade que mantém o futebol profissional em atividade. Nessa longa trajetória de glórias, destaca-se o grande time do Tupi FC de 1966, um dos melhores times de Juiz de Fora de todos os tempos, que ficou conhecido como o “Fantasma do Mineirão”.
Em janeiro de 1966, o Tupi convidou o Cruzeiro para um jogo na cidade e venceu por 3 x 2, derrotando a famosa equipe de Tostão, Dirceu, Zé Carlos, Piazza, Natal e outros craques. Como um time de Juiz de Fora poderia vencer o grande Cruzeiro? Belo Horizonte não poderia engolir esta afronta. Por isso, o Tupi foi convidado a jogar com o Atlético, no Mineirão. Resultado do desafio: o Tupi derrotou o clube por 2 x 1, que era dirigido por Paulo Amaral. Um novo desafio foi levantado pelo América Mineiro, dirigido por Yustrick, já que o Tupi estava desmoralizando os times de Belo Horizonte. Mais uma vitória do Tupi por 2 x 1 foi o resultado. Quem imaginaria o Tupi derrotar os três times da capital? Isso não poderia ficar assim, então o Cruzeiro pediu uma revanche do jogo realizado em Juiz de Fora, alegando que no Mineirão ia “arrasar” o Tupi e acabar com a brincadeira. Nova vitória do Tupi por 2 x 1 fez todo o Brasil falar naquela equipe, que foi convidada para treinar contra a Seleção Brasileira de Pelé e Garrincha em Caxambu, quando empatou em 1 x 1. O técnico do Tupi era Geraldo Magela Tavares, e a escalação do time base responsável por essas grandes vitórias era a seguinte: Waldir (Hélio); Manoel, Murilo, Dário (Eli Flores) e Walter; França e Mauro; João Pires, Toledo, Vicente e Eurico.
Com seus altos e baixos, o Tupi FC continua firme na sua luta para continuar com o futebol profissional, representando Juiz de Fora. O clube obteve uma ótima participação no Campeonato Mineiro da 1ª divisão nos anos de 85 e 87, quando participou do quadrangular final nos dois anos e conquistou o título de Campeão Mineiro do Interior. Nessa época o Presidente do Tupi , investiu forte no sucesso do futebol do clube. Após um período não tão glorioso na década de 90, o Tupi se reergueu a elite do futebol mineiro em 2001. Em 2003, o conhecido Carijó alcançou uma notável posição: foi novamente Campeão do Interior, chegando a terceiro lugar no Campeonato Mineiro, e pela primeira vez conseguiu uma vaga para disputar a Copa do Brasil em 2004. A nova ascensão do time dentro do futebol mineiro se deu em 2006, quando obteve a quarta colocação no Campeonato Mineiro de 2007.
Em 2008, o futebol voltou a ser administrado pelo próprio clube, com a eleição do Dr. Àureo Carneiro Fortuna e do Dr. José Roberto Maranhas, para Presidente e Vice-Presidente, respectivamente. Dando continuidade ao trabalho realizado em 2007.O Tupi fez um ótimo Campeonato Mineiro, classificando-se em segundo lugar para o quadrangular final e terminando em terceiro lugar geral atrás apenas de Cruzeiro e Atlético. Além dessa vitória, foi campeão da Taça Minas Gerais garantindo, assim, mais uma participação na Copa do Brasil e na recém criada série “D” de 2009
O ano de 2009. Além de jogar no Campeonato Mineiro e Taça Minas Gerais, o trabalho do Carijó rendeu a participação na Copa do Brasil.
Em 2011 é campeão da quarta divisão do campeonato brasileiro com uma vitoria de 1a0 sobre o Santa Cruz em Juiz De Fora e mais uma vitoria por 2a0 no Arruda Lotado.
Fonte:www.tupijf.com
